医院始建于1973年1月，前身为“陕西省第二纺织医院”，1988年获批“咸阳市妇产医院”，2008年8月整建制划转陕西中医学院管理并按中西医结合医院建设，更名为“陕西中医学院第二附属医院”，2015年更名为“陕西中医药大学第二附属医院”，同时，被国家级新区西咸新区管委会批准为“西咸新区中心医院”。医院先后获得“国家卫生部爱婴医院”“陕西省卫生行业文明示范单位”“陕西省首批百姓放心医院”“陕西省卫生系统先进集体”“陕西省诚信医院”等荣誉称号。

医院由秦都院区、西咸院区组成，两院区共同发展。秦都院区位于咸阳市渭阳西路5号，占地面积45亩，编制床位656张。西咸院区位于西咸新区沣西新城龙台观路831号，占地300亩，编制床位1000张。两院区共设置临床医技科室86个。

人才兴院，构筑结构合理的人才队伍。医院现有职工2447人，其中医师875人，护理人员1096人，高级职称295人、硕博士711人。现有国家级、省级师承指导老师21人，全国老中医药专家学术经验继承人12人，省级老中医药专家学术经验继承人8人，陕西省“双链融合”中青年科研创新团队2个，陕西省中医药中青年科技骨干人才3人，陕西省卫生健康高层次人才1人，陕西省中医药科研创新人才1人。

提升内涵，打造诊疗服务优势。医院始终以患者为中心，以质量和安全为核心，诊疗技术日益精进，服务水平不断提升，综合实力显著增强。现有1.5T 及3.0T磁共振、64排、256排CT、大型C型臂数字剪影造影系统、直线加速器、海扶刀、四维超声、心脏超声、宫腔镜、腹腔镜及DR等大型医疗设备。医院妇产学科技术领先，年分娩量万余例。儿童医院专业设置齐全，致力于儿童疑难病、危重病、罕见病的诊治及慢性病的治疗和管理。2017年获批咸阳市和西咸新区危重孕妇救治与转诊中心，2019年获批陕西省危重孕产妇和新生儿救治与转诊中心和母婴安全优质服务单位，2020年获批“陕西省儿童早期发展基地”，2024年获批“国家妇幼中医药特色建设单位”，被誉为本地区的“母婴健康保护神”。

中西医结合，提升学专科建设水平。医院现有重点专学科建设项目46个，其中国家临床重点专科（中医专业）1个；国家中医药管理局“十二五”重点学科2个、重点专科3个（建设项目1个，培育项目2个）；国家中医优势专科建设项目4个；国家中西医协同“旗舰”科室（建设项目）3个；国家妇幼中医药特色建设单位1项；国家中管局区域中医（专科）诊疗中心培育项目1个；陕西省中医药管理局重点学科2个、重点专科9个；省级中医专科诊疗中心1个。重点专科和学科分布在妇产、儿科、心血管病、针灸康复、治未病、推拿、血液病、脑病、肿瘤、脾胃病、肺病、内分泌、骨伤、急诊重症医学、乳腺病、口腔等重大疑难疾病和社会急需的专业。设有名老中医药专家传承工作室（站）8个，学术流派传承工作室（站）6个，国医大师张学文教授，国家级师承指导老师殷克敬教授等一批全国著名中医药专家长期坐诊、查房和带教。

科技强院，夯实学术研究实力。建成1500平方米中心实验室，扩建1500平方米制剂室，获批院内制剂36种，5项成果进入秦创原创新平台科技成果项目库。近五年来承担国家自然科学基金、国家科技重大专项、省部级、厅局级等纵向科研项目共291项，其中国家自然科学基金项目9项，国家科技重大专项1项。获科技成果奖励8项，获批专利59项，发表学术论文834篇，主编和参编著作60部。牵头制定颈动脉粥样硬化性疾病中医临床诊疗专家共识、新型冠状病毒肺炎疫情期间加强儿童发热门诊流程的管理指引，参与制定标准、指南及专家共识10项。医院先后举办国际性学术交流20余次，连续11年举办了国际医学高峰论坛。

立德树人，履行医学教育职能。2013年，成立陕西中医药大学第二临床医学院，建有5000余平方米教学区及医学模拟中心，拥有临床教师451人、硕士生导师246人。临床医学专业被列为省级一流专业建设项目，入选教育部“省级一流本科专业建设点”。获批临床医学硕士专业学位授权点、国家中医住院医师规范化培训基地、省级一流课程1门、省级教学成果奖2项、省级教学名师1名。荣获第十届中国大学生医学技术技能大赛西南西北分赛区特等奖、全国总决赛铜奖。